Initiation à la phylogénie Moléculaire

Réf : BIF-09

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Durée

2 journées – 14 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 Personnes
Travaux tutorés & Ateliers pratiques
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Frais pédagogique

Sur devis

Formateur

Dr G Perrière

Public concerné

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) voulant s’initier à la phylogénie Moléculaire

Prérequis

Etre familiarisé avec les banques de données de séquences
Avoir déjà utilisé au moins un logiciel de bioinformatique
Notions de base en mathématiques et en statistiques

Objectifs / Compétences

de la formation initiation à la phylogénie Moléculaire

  • Acquérir les connaissances générales sur les méthodes de recherche de similarités dans les banques
  • Savoir identifier des séquences homologues utilisables pour une reconstruction phylogénétique et construire un jeu de données approprié
  • Connaître les limites et les biais possibles des méthodes et des modèles
  • Pouvoir construire puis interpréter une phylogénie au moyen du programme SeaView
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Programme de la formation: Initiation à la phylogénie Moléculaire

Comprendre et savoir utiliser les programmes d’alignement et de recherche de simularités

Alignements simples et multiples

Recherche par profils

Filtrage des alignement

Maîtriser les concepts propres à la phylogénie

Notion d’homologie

Représentation des arbres

Racinement d’un arbre

Acquérir les connaissances de base sur les modèles utilisés en phylogénie

Comprendre et savoir utiliser les méthodes de parcimonie et de distance

Pouvoir évaluer la fiabilité d’une phylogénie au moyen du bootstrap

Utilisation des logiciels BLAST, SeaView, DNApars et BioNJ


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Initiation à la phylogénie Moléculaire

Réf : BIF-09

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    Dernière modification le 1 février 2023 à 10h39