Dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA : Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine

Réf : BIF-42

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Durée

1 journée – 7 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 Personnes
50% de pratique – Exercices d’application

Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.

La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Accessibilité

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

Frais pédagogique

600 € HT / Académiques : 540 € HT
Déjeuner offert

Formateur

Dr. E. Bettler

Public concerné

Techniciens, ingénieurs, chercheurs et porteurs de projet toutes spécialités confondues – Débutants et intermédiaires

Prérequis

Aucun

Objectifs / Compétences

de la formation dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA : Du modèle statique au comportement temporel d'une protéine

  • Retenir les notions de bases de la dynamique moléculaire
  • Retenir les notions de CPU/GPU, énergies, trajectoire, RMSD…
  • Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
  • Estimer l’intérêt d’une dynamique moléculaire
  • Rendre compte de la qualité d’une dynamique moléculaire
  • Analyser et extraire les informations essentielles d’une dynamique moléculaire
  • Mettre en pratique les notions vues pour réaliser et analyser une dynamique moléculaire
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Programme de la formation: Dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA : Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine

Notions de bases sur la dynamique moléculaire

Dynamique quantique vs dynamique moléculaire

Les prérequis nécessaires, les conditions pour bien préparer une structure pour une dynamique moléculaire

Présentation et prise en main du logiciel YASARA – Exercice d’application permettant de préparer une structure 3D de protéine

Les différentes façons de lancer une dynamique moléculaire

CPU/GPU

Les temps de simulation vs les temps biologiques

Exercices d’application permettant de lancer une dynamique moléculaire en ligne de commande ou via un script

Validation et analyse d’une dynamique moléculaire

Vue d’ensemble des termes et calculs permettant de déterminer la qualité d’une dynamique (RMSD, rayon de gyration…)

Manipulation de cette dynamique pour faire ressortir certains paramètres précis (distance entre certains résidus, RMSD2D…)

Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée, de lancer et analyser une dynamique moléculaire complète


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Dynamique moléculaire à l’aide du logiciel YASARA : Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine

Réf : BIF-42

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    Dernière modification le 1 février 2023 à 10h39