Dynamique moléculaire : Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine
Réf : BIF-42
Durée
1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 Personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr E. Bettler
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Aucun
Objectifs / Compétences
de la formation dynamique moléculaire : Du modèle statique au comportement temporel d'une protéine
- Retenir les notions de bases de la dynamique moléculaire
- Retenir les notions de CPU/GPU, énergies, trajectoire, RMSD…
- Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
- Estimer l’intérêt d’une dynamique moléculaire
- Rendre compte de la qualité d’une dynamique moléculaire
- Analyser et extraire les informations essentielles d’une dynamique moléculaire
- Mettre en pratique les notions vues pour réaliser et analyser une dynamique moléculaire
Programme de la formation: Dynamique moléculaire : Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine
Notions de bases sur la dynamique moléculaire
Dynamique quantique vs dynamique moléculaire
Les prérequis nécessaires, les conditions pour bien préparer une structure pour une dynamique moléculaire
Présentation et prise en main du logiciel YASARA
Exercice d’application permettant de préparer une structure 3D de protéine
Les différentes façons de lancer une dynamique moléculaire
CPU/GPU
Les temps de simulation vs les temps biologiques
Exercices d’application permettant de lancer une dynamique moléculaire en ligne de commande ou via un script
Validation et analyse d’une dynamique moléculaire
Vue d’ensemble des termes et calculs permettant de déterminer la qualité d’une dynamique (RMSD, rayon de gyration…)
Manipulation de cette dynamique pour faire ressortir certains paramètres précis (distance entre certains résidus, RMSD2D…)
Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée, de lancer et analyser une dynamique moléculaire complète
Dynamique moléculaire : Du modèle statique au comportement temporel d’une protéine
Réf : BIF-42
Pour nous contacter par téléphone
S'inscrire à la formation
Depuis 2007, de nombreuses entreprises, PME ou grands groupes de la pharma, font confiance à Biosciences & Co pour former leurs collaborateurs : Techniciens, Ingénieurs et Chercheurs. Par ailleurs, Biosciences & Co forme également de très nombreux agents des EPST tel que le CNRS, l’INRAE, l’INSERM, le CEA, le CIRAD, l’ANSES et les Universités Françaises.
En savoir plus
