Formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)
Réf : BIF-01A
Durée
2 jours - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 personnes
Exercices d’application
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr J. LACHUER
Public concerné
Biologistes : chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants
Prérequis
- Connaitre la structure d'une librairie pour séquençage (savoir ce qu'est un adaptateur, un index, un UMI)
- Savoir ce qu'est le multiplexage, ce qu'est un séquençage single read et paired end
- Connaitre le principe de séquençage (Illumina principalement)
Objectifs / Compétences
de la formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)
- Savoir détecter, interpréter et corriger les potentielles « anomalies » dans les données NGS pour les rendre utilisables
- Savoir transformer des données brutes de séquencage en des données prêtes à être analysées
- Les différents contrôles à analyser (savoir lire les FastQC)
- Se familiariser avec les fonctions de base de Galaxy comme créer un pipeline
Programme de la formation: Formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)
Introduction
Rappels sur les technologies de séquençage short reads (Illumina et MGI) et long reads (Oxford Nanopore)
Introduction à l’analyse de données short reads et long reads
- Les workflows d’analyse
- Les données brutes de sortie de séquenceur: quel(s) format(s)
Présentation des différents outils bioinformatiques et compétences nécessaires à acquérir
- Introduction à Galaxy (Illumina, Oxford Nanopore) : prise en main
- Introduction à Epi2me (Oxford Nanopore) : prise en main
Analyses primaires : metrics qualité
Analyse des metrics de qualité short reads : théorique et pratique sur Galaxy
Analyse des metrics de qualité long reads : théorique et pratique sur Epi2Me et Galaxy
Correction des données : trimming, clipping
Analyses secondaires des données
Alignement des séquences sur génome de référence (les méthodes d’alignement) pour shorts reads et long reads : théorie et pratique
Estimation de l’expression individuelle des gènes et des transcrits (tables de comptage) : théorie et pratique
Normalisation des données : théorie et pratique
Différentiel d’expression (DE) : théorie et pratique
Analyse au niveau gènes et/ou transcrits ?
Représentation graphique des données (ACP, volcano-plot, scatter-plot)
Analyse tertiaire des données
Analyse de voies de signalisation : les bases de données
GSEA : théorie et pratique
Gene Ontology
Formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)
Réf : BIF-01A
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