Formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)

Réf : BIF-01A

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Durée

2 jours - 14 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 personnes
Exercices d’application
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant

Accessibilité

Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs

Frais pédagogique

Sur devis

Formateur

Dr J. LACHUER

Public concerné

Biologistes : chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants

Prérequis

- Connaitre la structure d'une librairie pour séquençage (savoir ce qu'est un adaptateur, un index, un UMI)
- Savoir ce qu'est le multiplexage, ce qu'est un séquençage single read et paired end
- Connaitre le principe de séquençage (Illumina principalement)

Objectifs / Compétences

de la formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)

  • Savoir détecter, interpréter et corriger les potentielles « anomalies » dans les données NGS pour les rendre utilisables
  • Savoir transformer des données brutes de séquencage en des données prêtes à être analysées
  • Les différents contrôles à analyser (savoir lire les FastQC)
  • Se familiariser avec les fonctions de base de Galaxy comme créer un pipeline
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Programme de la formation: Formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)

Introduction

Rappels sur les technologies de séquençage short reads (Illumina et MGI) et long reads (Oxford Nanopore)

Introduction à l’analyse de données short reads et long reads

  • Les workflows d’analyse
  • Les données brutes de sortie de séquenceur: quel(s) format(s)

Présentation des différents outils bioinformatiques et compétences nécessaires à acquérir

  • Introduction à Galaxy (Illumina, Oxford Nanopore) : prise en main
  • Introduction à Epi2me (Oxford Nanopore) : prise en main

Analyses primaires : metrics qualité

Analyse des metrics de qualité short reads : théorique et pratique sur Galaxy

Analyse des metrics de qualité long reads : théorique et pratique sur Epi2Me et Galaxy

Correction des données : trimming, clipping

Analyses secondaires des données

Alignement des séquences sur génome de référence (les méthodes d’alignement) pour shorts reads et long reads : théorie et pratique

Estimation de l’expression individuelle des gènes et des transcrits (tables de comptage) : théorie et pratique

Normalisation des données : théorie et pratique

Différentiel d’expression (DE) : théorie et pratique

Analyse au niveau gènes et/ou transcrits ?

Représentation graphique des données (ACP, volcano-plot, scatter-plot)

Analyse tertiaire des données

Analyse de voies de signalisation : les bases de données

GSEA : théorie et pratique

Gene Ontology

Formation théorique et pratique à l’analyse bioinformatique des données RNAseq sur échantillon bulk : Analyse en short reads (Illumina/MGI) et long reads (Oxford Nanopore)

Réf : BIF-01A

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    Dernière modification le 20 juin 2024 à 13h17