Modélisation de la structure 3D des protéines avec le logiciel YASARA
Réf : BIF-41
Durée
1 journée – 7 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 Personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
600€ HT / Académiques : 540€ HT
Déjeuner offert
Formateur
Dr. E. Bettler
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Aucun
Durée
1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par participant
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr E. Bettler
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Aucun
Objectifs / Compétences
de la formation modélisation de la structure 3D des protéines avec le logiciel YASARA
- Retenir les notions de bases de la modélisation moléculaire par homologie
- Retenir les notions de superposition 3D, de RMSD, d’énergie de conformation
- Identifier les différentes fonctions/plugins nécessaires du logiciel YASARA
- Estimer quand une modélisation de protéine est possible
- Juger des prérequis à une bonne modélisation
- Rendre compte de la qualité d’un modèle
- Mettre en pratique les notions vues pour modéliser une protéine
Programme de la formation: Modélisation de la structure 3D des protéines avec le logiciel YASARA
Notions de bases sur la modélisation moléculaire
La modélisation par homologie
Les prérequis nécessaires et les conditions pour une bonne modélisation
Présentation et prise en main du logiciel YASARA – Exercice d’application permettant de réaliser son 1er modèle de protéine
Notions sur le choix d’une bonne empreinte pour la modélisation
Importance de l’alignement entre la séquence à modéliser et la séquence de l’empreinte
Insertion de mutations dans la séquence du modèle si besoin
Exercices d’application permettant de réaliser une modélisation en imposant une empreinte et/ou un alignement de séquence modèle/empreinte
Analyse du modèle obtenu
Vue d’ensemble des critères et logiciels permettant de déterminer la qualité du modèle construit (RMSD, énergie…)
Construction manuelle de boucles
Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée et de réaliser et analyser une modélisation complète, d’ajouter des boucles manquantes, d’ajouter un ligand…
Modélisation de la structure 3D des protéines avec le logiciel YASARA
Réf : BIF-41
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