Modélisation moléculaire via AlphaFold : notions avancées
Réf : BIF-44
Durée
1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 personnes
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
Exercices d'application
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
600€ HT / Académiques : 540€ HT
Déjeuner offert
Formateur
Dr E. BETTLER
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Compétences avancées en Biochimie structurale
Connaissance d'AlphaFold
Durée
1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 personnes
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
Exercices d'application
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr E. BETTLER
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Compétences avancées en Biochimie structurale
Connaissance d'AlphaFold
Objectifs / Compétences
De la formation Modélisation moléculaire via AlphaFold : notions avancées
Créer un modèle 3D de protéine à l’aide d’ AlphaFold 2/3
Estimer les critères de qualité de ce modèle
Améliorer la qualité d’un modèle AF2
Programme de la formation: Modélisation moléculaire via AlphaFold : notions avancées
Comment utiliser des alignements de séquences multiples (MSA) pour améliorer la qualité des modèles d’AlphaFold2 (ColabFold)
Comment utiliser vos propres MSA afin d’améliorer ou orienter vos modèles AlphaFold via les outils DEEPMSA2 ou HMM
Les options disponibles autour des MSA dans ColabFold
Les options disponibles dans AlphaFold2 (colabfold) pour améliorer la qualité des modèles
Les options disponibles dans ColabFold vous seront expliqués afin de comprendre leur influence sur la qualité des modèles AlphaFold
Les métriques d’AlphaFold
Outre les métriques classiques, vous discuterez des nouvelles métriques (ipSAE, actifpTM…) permettant de mieux appréhender la qualité des modèles AlphaFold
L’approche massive sampling
Présentation du logiciel Massivefold afin d’expliquer l’approche par massive sampling
Les concurrents d’AlphaFold
Boltz, OpenFold, Chai-1, Protenix, Intellifold… vous seront présentés avec les forces et faiblesses de chacun
Les développements basés sur AlphaFold
Les différents développements autour d’Alphafold comme AlphaPullDown, AlphaLink2, BindCraft…
Modélisation moléculaire via AlphaFold : notions avancées
Réf : BIF-44
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Depuis 2007, de nombreuses entreprises, PME ou grands groupes de la pharma, font confiance à Biosciences & Co pour former leurs collaborateurs : Techniciens, Ingénieurs et Chercheurs. Par ailleurs, Biosciences & Co forme également de très nombreux agents des EPST tel que le CNRS, l’INRAE, l’INSERM, le CEA, le CIRAD, l’ANSES et les Universités Françaises.
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