Modélisation via AlphaFold : notions avancées

Réf : BIF-44

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Durée

1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 personnes
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
Exercices d'application
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Accessibilité

Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap

Frais pédagogique

600€ HT / Académiques : 540€ HT
Déjeuner offert

Formateur

Mme S. AGUERO PIZZOLO

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens

Prérequis

Aucun

Durée

1 journée - 7 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 10 personnes
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices
Exercices d'application
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Accessibilité

Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs

Frais pédagogique

Sur devis

Formateur

Mme S. AGUERO PIZZOLO

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens

Prérequis

Aucun

Objectifs / Compétences

De la formation Modélisation via AlphaFold : notions avancées

  • Retenir les notions de bases et avancées de la modélisation moléculaire via AlphaFold
  • Retenir les notions de pLDDT, DockQ, iPTM, dropout..
  • Identifier les différentes options du notebook Colabfold AlphaFold
  • Rendre compte de la qualité d’un modèle
  • Savoir améliorer la qualité d’un modèle
  • Savoir utiliser AlphaFold et Phenix (cristallographie, cryomicroscopie..)
  • Mettre en pratique les notions vues pour modéliser une protéine
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Programme de la formation: Modélisation via AlphaFold : notions avancées

Notions de bases sur la modélisation moléculaire et notamment la modélisation par alphafold

Présentation et prise en main du webiciel Colabfold AlphaFold

Limites actuelles du logiciel

Exercice d’application permettant de réaliser son 1er modèle de protéine

Comment juger de la qualité d’un modèle ?

Notions sur le choix des options en fonction de la construction d’un monomère ou d’un polymère

Exercices d’application

Combiner AlphaFold et Phenix

Utiliser des données expérimentales pour la construction et/ou l’optimisation d’un modèle AlphaFold

Exercices d’application permettant de reprendre les acquis de la journée

Modélisation via AlphaFold : notions avancées

Réf : BIF-44

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    Dernière modification le 16 février 2024 à 11h31