Durée
2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Les 2 & 3 octobre 2025
Pédagogie
Effectif : 12 personnes
Exercices d’application et études de cas
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
1200€ HT / Académiques : 1080€ HT
Déjeuners offerts
Formateur
Dr J. Lachuer
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes
Prérequis
Notions de Biologie Moléculaire
Durée
2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 12 personnes
Exercices d’application et études de cas
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr J. Lachuer
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes
Prérequis
Notions de Biologie Moléculaire
de la formation méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)
Les techniques de prélèvement, de transport, de conservation des échantillons biologiques
Les techniques d’extraction d’acides nucléiques (ARN, ADN, miRNA) sur échantillons frais, congelés ou fixés
Le cas des plantes, des insectes, des bactéries et d’échantillons complexes
Les méthodes de quantification et de qualification des acides nucléiques. La détection de contamination
Les techniques d’amplification des ADN, ARN ou miRNA avant séquençage
Les technologies de séquençage 2ème et 3ème génération
Le vocabulaire du séquençage (notion de profondeur, couverture…)
Quelle technologie choisir en fonction des analyses à réaliser (courts ou longs fragments)
Les techniques de mRNA-seq ou de wholeRNA-seq (eucaryotes, procaryotes et virus)
Les analyses possibles à partir de données RNA-seq (étude de polymorphismes, ARN fusion, variants d’épissage, etc..)
RNAseq sur cellules fixées ou échantillons dégradés
RNAseq sur microquantités (<1ng)
Les techniques d’enrichissement d’ARN
Les techniques de séquençage de novo
Le séquençage des miRNA (smallRNA-seq)
Exemple d’analyse à partir d’exosomes ou de fluides biologiques
Autres applications du NGS sur les ARN (GROseq, RIPseq, CLASHseq)
Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,….
Les techniques de DNA seq (eucaryotes, procaryotes et virus)
Les techniques d’enrichissement de génome ou partie de génome
DNAseq sur cellules fixées (FFPE) et échantillons dégradés
DNAseq sur microquantités
Application pour l’étude de variants structuraux
Application au séquençage de novo
Principes et applications de quelques technologies (ATAC seq, FAIRE seq…..)
Etude de la méthylation par BS-seq (Bisulfite séquencing)
Etude de la méthylation par RRBS (Reduced representation bisulfite sequencing)
Etude de régulome par ChIP-seq
Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,….
Dans ce chapitre sont abordées les technologies permettant de caractériser une population bactérienne, virale ou fongique dans différents contextes de microbiote
Les technologies d’analyse abordées seront
Les technologies d’enrichissement de génome ou transcriptome par rapport à des génomes hôtes seront présentées et des exemples de cas analysés au cours de la séance.
Dans ce chapitre seront abordées les technologies permettant de rechercher l’association entre génotype et phénotype dans différents systèmes biologiques.
Ces technologies abordées seront :
Le transposon-Seq (Tn-seq, INS-seq),
Le barecoding seq (Bare-Seq)
Autres technologies
Les technologies de séparation des cellules individuellement (capture laser, techniques de dropplet, de microfluidique, de dilution, de DEP, etc…)
Les approches pour l’analyse du transcriptome, du génome et du méthylome sur cellules uniques
Réf : BMC-19
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