Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet
Réf : BMC-18
Durée
1,5 journées – 10,5 heures
13.30 - 17.00 Jour 1
9.00 - 17h00 Jour 2
Les 11 & 12 mai 2023
Pédagogie
Effectif : 12 Personnes
Mise en situation et exercices pratiques
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
900 € HT / Académiques : 830 € HT
Déjeuner offert
Formateur
Mme S. Hughes & M. B. Gillet
Public concerné
Techniciens, ingénieurs, chercheurs et porteurs de projet toutes spécialités confondues – Débutants et intermédiaires
Prérequis
Compétence de base en Biologie Moléculaire – Niveau L2
Objectifs / Compétences
de la formation principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet
- Différencier les techniques de séquençage à haut-débit: distinguer et comparer les différentes technologies NGS
- Acquérir les principes de fonctionnement des différentes technologies NGS pour critiquer, différencier, identifier, et choisir la meilleure technologie en fonction du besoin
- Connaitre les différentes applications possibles des méthodes NGS et leurs spécificités.
- Définir, justifier et recommander une technologie NGS en fonction de l’application souhaitée
- Différencier les grandes étapes méthodologiques, avant et après séquençage, pour mettre en oeuvre son projet de séquençage
- Améliorer, concevoir et appliquer de nouveaux protocoles adaptés à ses projets
Programme de la formation: Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet
Les méthodes de séquençages : principes
Présentation des différentes méthodes de séquençage à haut-débit
Principe et fonctionnement
Capacité de séquençage
Comparatif des différences méthodes, forces et faiblesses
Les technologies de demain
De l’échantillon à la séquence : les grandes étapes méthodologiques
Préparation des échantillons
- Les différentes étapes clés méthodologiques
- Garantir la qualité des données de séquençage
- Penser son expérimentation
- La production des échantillons biologiques
- Extraction et purification des acides nucléiques
Captures et enrichissement
- Capture d’hybrides
- Amplification PCR
- Immunoprécipitation
Autres approches méthodologiques
- Construction des différents types de banques
- Les étapes clés
- Construction des banques à ADN
- Construction des banques à partir d’ARN
- Veille et innovation technologique
Préparation de banques et séquençage sur plateforme Ion Torrent PGM : exemple
L’analyse des données de séquençage
Introduction
La production des données
L’analyse
Les bases de données
Conclusions
Les différentes applications NGS : quelle méthode choisir en fonction de mon application ?
Introduction
La génomique structurale
La génomique fonctionnelle
Métagénomique et environnement
Conclusions
Bilan et questions
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Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS) : choisir la technologie adaptée à son projet
Réf : BMC-18
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