Single Cell : génomique de la cellule unique
Réf : BMC-25
Durée
2 journées – 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 12 Personnes
Les applications décrites seront des cas concrets réalisés sur la plateforme de génomique et microgénomique profilexpert
Exercices d’application
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et sur les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
1200 € HT / Académiques : 1080 € HT
Déjeuners offerts
Formateur
M. J. Lachuer
Public concerné
Techniciens, ingénieurs, chercheurs et porteurs de projet toutes spécialités confondues – Débutants et intermédiaires
Prérequis
Un niveau de Biologie Moléculaire équivalent à Bac+2
Objectifs / Compétences
de la formation Single Cell : génomique de la cellule unique
- Connaître les techniques de dissociation tissulaire (tissus fixés ou non)
- Connaître les différentes technologies permettant d’isoler et de traiter les cellules à l’échelle unique
- Connaître les avantages et inconvénients de chacune d’entre elles
- Connaître les prérequis en terme d’input cellulaire (quantité, qualité)
- Connaître les technologies d’amplification d’ARN ou ADN à partir de lysat cellule unique.
- Connaître les technologies de scRNA seq (3’end ou full length) pour les analyse d’ARN. Utilisation des UMI (unique molecular identifier)
- Connaître le principe des technologies de séquençage d’exome ou de WGS ou d’autres technologie (exemple ATAC-seq) sur cellules unique
- Connaître les principes des technologies d’analyse du méthylome sur cellule unique (RRBS)
- Calculer les profondeurs de séquençage nécessaire pour une étude sur cellule unique et décider du taux de multiplexage à utiliser
- Connaitre les technologies de séquençage (courts fragments et longs fragments, single read ou paired-end….) et leur adaptation aux études en cellule unique
- Savoir apprécier la qualité du séquençage (Q30, score d’alignement, taux d’erreur)
- Connaître les techniques d’amplification multiplex (cas d’une analyse par PCR par la technologie Biomark par exemple)
Programme de la formation: Single Cell : génomique de la cellule unique
Présentation de l’approche single cell et des différentes étapes pour la réalisation d’une analyse en cellule unique
Dissociation des tissus
Fixation des cellules
Marquage
Compartimentalisation des cellules
Amplification des acides nucléiques
Les technologies de séparation de cellules et d’amplification d’ADN ou ARN
Séparation des cellules
- Microfluidique
- Nano gouttelettes
- Capture laser
- Filtre
- Cages électriques…
Amplification d’ADN ou ARN à partir du lysat cellulaire
Les technologies d’analyse
PCR/NGS fragments courts et fragments longs
Application à l’étude du transcriptome
Expression différentielle
Analyse de variants
ARN fusion
Application à l’analyse du génome
Whole genome sequencing
Whole exome
ATAC-seq…
Application à l’étude du méthylome par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Analyse multi-omique sur cellule unique
Introduction aux méthodes d’analyse bioinformatique
Discussion sur les projets des auditeurs
Warning: Illegal string offset 'url' in /homepages/39/d370308856/htdocs/biosciences/wp-content/themes/understrap-child-1.1.0/loop-templates/FormulaireInscription.php on line 31
Single Cell : génomique de la cellule unique
Réf : BMC-25
Pour nous contacter par téléphone
S'inscrire à la formation
Depuis 2007, de nombreuses entreprises, PME ou grands groupes de la pharma, font confiance à Biosciences & Co pour former leurs collaborateurs : Techniciens, Ingénieurs et Chercheurs. Par ailleurs, Biosciences & Co forme également de très nombreux agents des EPST tel que le CNRS, l’INRAE, l’INSERM, le CEA, le CIRAD, l’ANSES et les Universités Françaises.
En savoir plus