Single Cell : génomique de la cellule unique

Réf : BMC-25

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Durée

2 journées – 14 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 12 Personnes
Les applications décrites seront des cas concrets réalisés sur la plateforme de génomique et microgénomique profilexpert

Exercices d’application

Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et sur les connaissances spécifiques (50%)

La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard

Accessibilité

Formation accessible au public à mobilité réduite – Adaptation des moyens de la prestation aux personnes en situation de handicap

Frais pédagogique

1200 € HT / Académiques : 1080 € HT
Déjeuners offerts

Formateur

M. J. Lachuer

Public concerné

Techniciens, ingénieurs, chercheurs et porteurs de projet toutes spécialités confondues – Débutants et intermédiaires

Prérequis

Un niveau de Biologie Moléculaire équivalent à Bac+2

Objectifs / Compétences

de la formation Single Cell : génomique de la cellule unique

  • Connaître les techniques de dissociation tissulaire (tissus fixés ou non)
  • Connaître les différentes technologies permettant d’isoler et de traiter les cellules à l’échelle unique
  • Connaître les avantages et inconvénients de chacune d’entre elles
  • Connaître les prérequis en terme d’input cellulaire (quantité, qualité)
  • Connaître les technologies d’amplification d’ARN ou ADN à partir de lysat cellule unique.
  • Connaître les technologies de scRNA seq (3’end ou full length) pour les analyse d’ARN. Utilisation des UMI (unique molecular identifier)
  • Connaître le principe des technologies de séquençage d’exome ou de WGS ou d’autres technologie (exemple ATAC-seq) sur cellules unique
  • Connaître les principes des technologies d’analyse du méthylome sur cellule unique (RRBS)
  • Calculer les profondeurs de séquençage nécessaire pour une étude sur cellule unique et décider du taux de multiplexage à utiliser
  • Connaitre les technologies de séquençage (courts fragments et longs fragments, single read ou paired-end….) et leur adaptation aux études en cellule unique
  • Savoir apprécier la qualité du séquençage (Q30, score d’alignement, taux d’erreur)
  • Connaître les techniques d’amplification multiplex (cas d’une analyse par PCR par la technologie Biomark par exemple)
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Programme de la formation: Single Cell : génomique de la cellule unique

Présentation de l’approche single cell et des différentes étapes pour la réalisation d’une analyse en cellule unique

Dissociation des tissus

Fixation des cellules

Marquage

Compartimentalisation des cellules

Amplification des acides nucléiques

Les technologies de séparation de cellules et d’amplification d’ADN ou ARN

Séparation des cellules

  • Microfluidique
  • Nano gouttelettes
  • Capture laser
  • Filtre
  • Cages électriques…

Amplification d’ADN ou ARN à partir du lysat cellulaire

Les technologies d’analyse

PCR/NGS fragments courts et fragments longs

Application à l’étude du transcriptome

Expression différentielle

Analyse de variants

ARN fusion

Application à l’analyse du génome

Whole genome sequencing

Whole exome

ATAC-seq…

Application à l’étude du méthylome par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)

Analyse multi-omique sur cellule unique

Introduction aux méthodes d’analyse bioinformatique

Discussion sur les projets des auditeurs


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Single Cell : génomique de la cellule unique

Réf : BMC-25

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    Dernière modification le 1 février 2023 à 10h39