Single Cell : génomique de la cellule unique
Réf : BMC-25
Durée
2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Les 16 & 17 octobre 2025
Pédagogie
Effectif : 12 personnes
Les applications décrites seront des cas concrets réalisés sur la plateforme de génomique et microgénomique profilexpert
Exercices d’application
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et sur les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
1200€ HT / Académiques : 1080€ HT
Déjeuners offerts
Formateur
Dr J. Lachuer
Public concerné
Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) souhaitant s'initier aux technologie de séquençage à l'échelle de la cellule unique : Single Cell
Prérequis
Niveau de Biologie Moléculaire équivalent à Bac+2
Durée
2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 12 personnes
Les applications décrites seront des cas concrets réalisés sur la plateforme de génomique et microgénomique profilexpert
Exercices d’application
Evaluation réalisée selon un QCM sur les connaissances de base (50%) et sur les connaissances spécifiques (50%)
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr J. Lachuer
Public concerné
Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) souhaitant s'initier aux technologie de séquençage à l'échelle de la cellule unique : Single Cell
Prérequis
Niveau de Biologie Moléculaire équivalent à Bac+2
Objectifs / Compétences
de la formation Single Cell : génomique de la cellule unique
Connaître les différentes technologies permettant d’isoler et de traiter les cellules à l’échelle unique
Connaître les technologies d’amplification d’ARN ou ADN à partir de lysat cellule unique.
Connaître les technologies de scRNA seq (3’end ou full length) pour les analyse d’ARN. Utilisation des UMI (unique molecular identifier)
Calculer les profondeurs de séquençage nécessaire pour une étude sur cellule unique et décider du taux de multiplexage à utiliser
Savoir apprécier la qualité du séquençage (Q30, score d’alignement, taux d’erreur)
Programme de la formation: Single Cell : génomique de la cellule unique
Présentation de l’approche single cell et des différentes étapes pour la réalisation d’une analyse en cellule unique
Dissociation des tissus
Fixation des cellules
Marquage
Compartimentalisation des cellules
Amplification des acides nucléiques
Les technologies de séparation de cellules et d’amplification d’ADN ou ARN
Séparation des cellules
- Microfluidique
- Nano gouttelettes
- Capture laser
- Filtre
- Cages électriques…
Amplification d’ADN ou ARN à partir du lysat cellulaire
Les technologies d’analyse
PCR/NGS fragments courts et fragments longs
Application à l’étude du transcriptome
Expression différentielle
Analyse de variants
ARN fusion
Application à l’analyse du génome
Whole genome sequencing
Whole exome
ATAC-seq…
Application à l’étude du méthylome par Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Analyse multi-omique sur cellule unique
Introduction aux méthodes d’analyse bioinformatique
Discussion sur les projets des auditeurs
Single Cell : génomique de la cellule unique
Réf : BMC-25
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