Cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

Réf : BMC-41

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Durée

2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00

Pédagogie

Effectif : 8 personnes
Travaux pratiques et analyses de jeux de données
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation

Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement

Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur par apprenant

Accessibilité

Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs

Frais pédagogique

Sur devis

Formateur

M. A. Corneau

Public concerné

Chercheurs, Ingénieurs, techniciens

Prérequis

Des connaissances de base en analyse de données et de FlowJo en cytométrie sont requises

Objectifs / Compétences

de la formation cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

  • Connaitre et appréhender l’analyse des données multiparamétriques en utilisant les logiciels Cytobank, FlowJo, Tableau
  • Mettre en évidence la complémentarité des logiciels
  • Créer un pipeline d’analyse pour répondre à une question biologique
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Programme de la formation: Cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

Les différentes approches analytiques de haute dimension

Analyses supervisées manuelles : avantages / inconvénients

Analyses non supervisées automatiques :

  • Réduction de dimension
  • Analyse par cluster

Comparatif cytométrie en flux vs cytométrie de masse

Pratique : Discussion sur les acquis et les bases de chaque participant et présentation générale des différents algorithmes abordés au cours de la formation

SPADE

Prise en main de Cytobank

Réalisation d’un arbre SPADE sur Cytobank

Analyse et validation d’un arbre SPADE avec SPADEVizr

Exploitation des données SPADE sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant SPADE

Analyse booléenne

Prise en main de FlowJo

Réalisation des gates booléennes sur FLowJo

Exploitation des données de gates booléennes sur Tableau

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant les booléennes

viSNE

Réalisation d’une analyse viSNE sur Cytobank

Analyse d’une empreinte viSNE

Gating automatique du viSNE et analyse en heatmap avec SPADEVizr

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant viSNE

hSNE

Prise en main de Cytosplore

Réalisation d’une analyse hSNE sur Cytosplore

Analyse des clusters hSNE par heatMap

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant cytosplore

Citrus

Réalisation d’une analyse Citrus sur Cytobank

Présentation et décryptage du rendu Citrus

Pratique : Analyse d’un jeu de données (masse et ou flux) en utilisant Citrus

Equipement

Logiciels d’analyse FlowJo, Tableau et Cytobank

Cytométrie en flux : Analyses des données multiparamétriques

Réf : BMC-41

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    Dernière modification le 17 mai 2024 à 11h20