Modélisation de la structure 3D de protéines et analyse à l’aide de ChimeraX
Réf : BIF-42
Durée
1,5 journées - 10,5 heures
Jour 1 : 13h30 - 17h00
Jour 2 : 9h00 - 17h00
Les 28 & 29 juin 2027
Pédagogie
Effectif : 10 personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur individuel
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
900€ HT / Académiques : 830€ HT
Déjeuner offert
Formateur
Dr E. BETTLER
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Avoir des compétences en Biochimie des protéines permettant de comprendre la structure des protéines : de sa séquence à sa structure 3D
Durée
1,5 journées - 10,5 heures
Jour 1 : 13h30 - 17h00
Jour 2 : 9h00 - 17h00
Pédagogie
Effectif : 10 personnes
50% de pratique – Exercices d’application
Adaptation au niveau du groupe, aux difficultés rencontrées par certains auditeurs et, dans la mesure du possible, des exemples personnels pourront être pris en compte lors des exercices.
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut débit // Un support de cours numérique // Un paperboard // Un ordinateur individuel
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr E. BETTLER
Public concerné
Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens
Prérequis
Avoir des compétences en Biochimie des protéines permettant de comprendre la structure des protéines : de sa séquence à sa structure 3D
Objectifs/Compétences
De la formation Initiation à AlphaFold
Estimer les critères de qualité du modèle 3D de protéine crée à l’aide d’AlphaFold
Créer un modèle 3D de protéine à l’aide d’AlphaFold
Manipuler des structures 3D de protéines (à l’aide du logiciel ChimeraX)
Visualiser et analyser la structure 3D des macromolécules (à l’aide du logiciel ChimeraX)
Programme de la formation: Modélisation de la structure 3D de protéines et analyse à l’aide de ChimeraX
Introduction à AlphaFold
Principes fondamentaux.
Prise en main par la communauté scientifique
Présentation d’AlphaFold Database
Accès, navigation et utilisation des données
Visualisation d’un modèle AlphaFold avec ChimeraX
Présentation de l’interface et des outils clés de ChimeraX
Fonctionnalités essentielles pour l’analyse
Visualisation des modèles issus d’AlphaFold Database
Evaluation des modèles : pLDDT, PAE, ipTM
Création de modèles avec AlphaFold
Différences entre AlphaFold2 et AlphaFold3
Les différents sites disponibles pour générer un modèle AlpahFold 2 ou AlphaFold3
Évaluation d’un modèle AlphaFold
Les métriques clés : pLDDT, PAE, pTM, iPTM
Les nouveaux métriques : ipSAE, actifpTM, pDockQ2, LIS…
Méthodologie pour interpréter les résultats
Analyses avancées
Approfondissement des outils d’évaluation et d’interprétation (recherche de contacts…)
Modélisation de la structure 3D de protéines et analyse à l’aide de ChimeraX
Réf : BIF-42
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Depuis 2007, de nombreuses entreprises, PME ou grands groupes de la pharma, font confiance à Biosciences & Co pour former leurs collaborateurs : Techniciens, Ingénieurs et Chercheurs. Par ailleurs, Biosciences & Co forme également de très nombreux agents des EPST tel que le CNRS, l’INRAE, l’INSERM, le CEA, le CIRAD, l’ANSES et les Universités Françaises.
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