CRISPR/Cas9 : de la conception à la génération de modèles cellulaires
Réf : BMC-27
Durée
2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Les 14 & 15 octobre 2027
Pédagogie
Effectif : 12 personnes
Questionnaire / QCM et exercices pratiques
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Formation accessible au public à mobilité réduite - Adaptation des moyens de prestation aux personnes en situation de handicap
Frais pédagogique
1200€ HT / Académiques : 1080€ HT
Déjeuners offerts
Formateur
Dr Nicolas JARMUZYNSKI
NexGenom
Public concerné
Personnels scientifiques et techniques voulant s’initier à la technologie CRISPR/Cas9
Prérequis
Posséder des bases en Biologie Moléculaire de niveau Licence en Biologie
Durée
2 journées - 14 heures
// De 9h00 à 17h00
Pédagogie
Effectif : 12 personnes
Questionnaire / QCM et exercices pratiques
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
Moyens pédagogiques et techniques d’encadrement
Un vidéoprojecteur // Connexion WIFI haut-débit // Un support de cours numérique // Un paperboard
Accessibilité
Accessibilité dépendante du site de formation en vos murs
Frais pédagogique
Sur devis
Formateur
Dr Nicolas JARMUZYNSKI
NexGenom
Public concerné
Personnels scientifiques et techniques voulant s’initier à la technologie CRISPR/Cas9
Prérequis
Posséder des bases en Biologie Moléculaire de niveau Licence en Biologie
Objectifs / Compétences
de la formation CRISPR/Cas9 : de la conception à la génération de modèles cellulaires
- Comprendre tout le potentiel et les limites de la technologie CRISPR-Cas9
- Sélectionner les réactifs optimaux en fonction de la modification génétique souhaitée et des cellules d’intérêt
- Concevoir une stratégie d’édition complète, de la sélection du CRISPR à la validation des modèles
- Identifier les paramètres bloquants et mettre en place des mesures correctives
Programme de la formation: CRISPR/Cas9 : de la conception à la génération de modèles cellulaires
Module 1 — Le système CRISPR/Cas9 et ses applications
La technologie CRISPR-Cas9, une révolution
Les outils d’édition génétique : ZFN, TALENs, CRISPRs
Découverte et détournement du système CRISPR/Cas9
Principes de fonctionnement
Pourquoi CRISPR a révolutionné l’édition génomique
Prix Nobel de chimie 2020
Les CRISPRs en clinique
Les systèmes de réparation de l'ADN
Réparation non-homologue
- Principe de la réparation non-homologue NHEJ
- Applications en immuno-oncologie
- Knock-out vs knock-down : stratégies alternatives d’inactivation (RNAi, CRISPRi…)
Réparation homologue
- Principe de la recombinaison homologue HDR
- Composition de l’ADN donneur
- Modifications génétiques réalisables
- Applications en immuno-oncologie
- Inactivation génique : choisir entre un KO et un KI
Module 2 — Mise en place du protocole d’édition et de ses éléments
Les différents systèmes CRISPR-Cas9
RNP
Vecteur d’expression
Lentivirus
Expression constitutive de la Cas9
Choisir en fonction de son projet (académique/biotech, type de cellule, efficacité, durée d’expression…)
Les différents types d’ADN donneur
ssODN
dsDNA
Plasmide
Nanoplasmid
AAV
DNA blocks
Choisir en fonction de son projet (taille de l’insert, type de cellule, toxicité/efficacité, coût..)
Les différents moyens de délivrance
Lipofection
Électroporation
Transduction virale
AAV
Choisi en fonction de son projet (type de cellules, matériel disponible, efficacité, type d’ADN donneur…)
Module 3 — Sélection les cellules éditées
Types d’enrichissement
Sélection antibiotique
Sélection magnétique
Tri cellulaire par cytométrie
Enrichissement ou sous-clonage ?
- Effet clone
- Importance de l’analyse TIDE
Validation des cellules éditées
Validation génétique
- Extraction d’ADNg
- PCR (WT / hétérozygote / homozygote)
- Séquençage (homozygote/hémizygote)
Validation protéique
- Cytométrie
- Western blot
Validation fonctionnelle
- ELISA (cytokines..)
- Cytotoxicité
- Phosphorylation
- Expansion / migration
Module 4 — Modification par CRISPR vs expression lentivirale
Modification via vecteur lentiviral : « quick and dirty »
Inactivation génique (par CRISPR !)
Intégration aléatoire dans le génome
Expression dépendante du promoteur
Variabilité du nombre de copies
Conséquences potentielles sur l’expression et donc l’analyse des résultats
Modification via CRISPR-Cas9 : « long and clean »
Modification d’un locus défini
KO et KI
Contexte génomique physiologique
Recherche de clones homozygotes dans la plupart des cas
Module 5 — La puissance du CRISPR screening
Une bibliothèque CRISPR pour une question biologique
Principe d’une bibliothèque CRISPR
Bibliothèques disponibles : screens ciblés vs genome-wide
Mise en œuvre
Introduction de la bibliothèque
Sélection/enrichissement
Séquençage par RNAseq/scRNAseq
Applications
Découverte de ligands
Rôle d’une voie métabolique
Identification de protéines régulatrices
Découverte de nouvelles cibles thérapeutiques
Module 6 — Focus sur la génération de CAR-T cells
Etat de l’art des CAR-T cells et assimilés
Les deux méthodes de génération de CAR-T : transduction vs CRISPR-Cas9
Méthode d’intégration via CRISPR : le locus TRAC
ADN donneur
Système CRISPR/Cas9
Condition de transfection
Validation génétique, biochimique et vivo
Module 7 — Troubleshooting
Faire face à la difficulté de l’édition génétique
Absence d’édition (efficacité des CRISPRs, délivrance, locus peu accessible, problème dans l’ADN donneur…)
Faible édition (moyen d’enrichissement, délivrance…)
Mortalité (délivrance, conditions protocolaires, ADN donneur pas adapté)
Problèmes de génotypage/séquençage (PCR, population mixte)
Problèmes d’enrichissement (ADN donneur, outils d’enrichissement)
Optimiser les protocoles d’édition génétique
HDR enhancer
Conditions d’électroporation optimisées (Lonza, Thermofisher…)
Conditions protocolaires optimisées (IDT, Lonza…)
Utilisation d’outils bioinformatiques
Descriptions des outils
Avantages et inconvénient
Les sociétés de service autour des CRISPRs
Plateformes académiques
Sociétés avec banque de lignées KO
Sociétés « all inclusive »
Sociétés spécialisées en design
CRISPR/Cas9 : de la conception à la génération de modèles cellulaires
Réf : BMC-27
Pour nous contacter par téléphone
S'inscrire à la formation
Depuis 2007, de nombreuses entreprises, PME ou grands groupes de la pharma, font confiance à Biosciences & Co pour former leurs collaborateurs : Techniciens, Ingénieurs et Chercheurs. Par ailleurs, Biosciences & Co forme également de très nombreux agents des EPST tel que le CNRS, l’INRAE, l’INSERM, le CEA, le CIRAD, l’ANSES et les Universités Françaises.
En savoir plus
